Есть у акумов такое свойство - чем больше ток нагрузки - тем меньше снимаемая ёмкость. Обычно эту зависимость отображают в даташытах на акумы.
Получается, что в 2х батареечном айстике ток делится пополам для каждого акума, уменьшение тока ведёт к увеличению снимаемой ёмкости.
Так же уменьшается падение напряжения при нагрузке, соответственно плата будет отключать акум несколько позже нежели на однобатареечном.