vasimv С мосфетом я ещё не решил. Напряжение для измерения берется с PD0 и измеряется падение на R4. В протеусе то всё шикарно. Но как в реале будет...

Я использовал 3 ацп. adc0 меряет батарею. С него данные только на индикацию заряда и защиту от переразряда берутся.
ADC1 и ADC2 меряют падение на R4. Падение на R3 вне измерения ацп. Этот резистор только чтоб порт не спалить.
Я использую внутренний стабилизированный источник для ацп. Только он не 1.1, а 2.56 вольт протеус без напряжения на avcc и aref не хочет включать ацп.

В схеме не хватает резисторов на линейку светодиодов, конденсаторов, обвязки ресета и ещё по мелочи