нормально. в шильдике генезиса нормально же видно белок... имхо, тоже в jmol-е делали.
связи атомов можно сделать тоньше, цвета поменять
короче, займусь вечером, как ребенка сдам :-)
дайте формулу (международное название) аромки какого нить ТПА или эхотика !